ここは古代に天皇をたすけて軍事を司った物部一族の本拠地です。「ふつ」とか「ふる」とかいう音は、剣が空気を切り裂く時の音であるとされています。つまり布都御魂大神は神武天皇が大和を平定する時に天照大神から授かったとされる神剣の名前で、これはそのまま剣の神・軍神であって、香取神宮の御祭神の経津主神（ふつぬしのかみ）と同じ神であると一般にみなされています。

この神社の神域から多くの剣や玉が出土していますが、この神社に古くから伝わる七支刀（ななつさやのたち）は特に貴重なものです。また須佐之男神（すさのおのかみ）が八股大蛇（やまたのおろち）を退治するのに使った蛇麁正（おろちのあらまさ）或は天蝿折剣（あめのははきりのつるぎ）と呼ばれる剣もここに納められたとされています。

なお、天理教はこの石上神宮の関連の祈祷師の助手をつとめた中山みきが創始しました。